通化市辖2市（集安、梅河口）、3县（辉南、柳河、通化）、2区（东昌、二道江）和1个国家级医药高新区、1个吉林通化国际内陆港务区。下设45个镇、14个乡、23个街道。全市有6个少数民族乡镇。分别为集安市的凉水朝鲜族乡，通化县的金斗朝鲜族满族乡、大泉源满族朝鲜族乡，柳河县的三源浦朝鲜族镇、姜家店朝鲜族乡；辉南县的楼街朝鲜族乡。