1986年，通化市的水利改革逐步深入展开。国家管理的水利工程均实行事业单位企业管理，在健全各项制度和确定岗位职责的基础上，重点完善经济责任制，实行“五定两包一奖惩”责任制。即定安全、定效益、定设备完好率、定周转资金、定资源使用程度；包产量（值）、包利润；超（欠）产（收）对有关人员奖励（惩罚）。全国水利改革座谈会提出：水利工作必须“为国民经济和整个社会发展服务”，并“转到以提高经济效益为中心的轨道上来”、“转到综合经营型方面来”。即实施“全面服务、转轨变型”，推进水利经济体制改革。 

　　是年，全市11个国家管理（即全民所有制）的水利工程管理单位都落实各种生产责任制，乡镇和村社管理的小水库和电井、电灌站等小型水利工程落实各种承包管理责任制。梅河口市海龙水库在实行企业化管理过程中，对所属的生产经营单位加强管理和经济核算并建立经济技术承包责任制，签订经济技术承包合同；对水库管理局机关科室实施“定工作任务、定人员、定考核标准、定财务收支计划，实行财务包干”制度。是年，海龙水库年总收入221.51万元，扣除总支出180.79万元，全年实现利润40.72万元。除国家管理的大中型水库等工程外，全市小水库、塘坝和小型电灌站等农田灌溉工程均实行专业承包到组或个人；对水面养鱼等其他生产项目，确定包产指标与分成比例，签订承包合同，包给个人经营。全市的机电井普遍实行承包责任制，主要有3种形式：①“四统一、一固定”。即由村统一管理机电井、统一维修、统一组织灌地、统一支付油电费，专人看井，固定报酬。②“一包四定”，村与承包者签订承包合同，根据历年实际情况，核定灌溉任务、费用开支、报酬和奖惩。③将机电井出售给村民个人经营，分年偿付机电井款。此作法使设备管理和灌溉效益均有提高。 

　　1990年，全市各个国有水利管理单位继续在完善各自内部管理机制上下功夫。总结历年经验教训，进一步加强经济核算，确定科学合理的承包基数，任务指标逐项分解，全面完善承包责任制，保证国家、集体、个人各得其所。1995年，全市11个国有水利工程单位全年实现综合经营总收入6 000余万元，多数单位实现自负盈亏并有结余。通化县英额布水库实行新的《专业承包联产计酬生产责任制》，统一管理、统一经营、统一核算，任务指标逐项分解，完善按业务和经营项目内部分别核算的承包责任制，水库年收入超过70万元。 

　　通化市大中型水库一般都具有防洪、灌溉、供水、发电等多种功能，并可兼顾养鱼、旅游以及其它综合经营。随着经济和社会发展，各水库的管理体制和运行机制与日趋完善的社会主义市场经济体制要求不相适应。人员臃肿、经营不善，收不抵支；体制不顺，公益性支出部分无资金来源，经营性部分收入为公益性支出买单，工程管理等公益性部门难以正常运行。造成水库主体工程得不到正常维护，工程老化，效益萎缩，安全隐患加剧，职工的工资和福利无保障。2002年，国家颁发《关于水利工程管理体制改革实施意见》。2003年，吉林省政府颁发《吉林省水利工程管理体制改革实施办法》，根据这两个文件精神，结合实际情况，从2004年5月起通化市将11座大中型水库和两座小（一）型水库（柳河县的全胜水库和辉南县的黄泥河水库）列入全市水利工程管理体制改革系列中。 

　　2005年，参与管理体制改革的13座水库因都有防洪除涝、调蓄洪水的功能，均被定为准公益性事业单位。根据有关标准测算核定公益事业岗位及编制194人，分别上报各县（市）政府审查批准。年末，全市30处小水电站有4座被出售转让。其中，通化县龙岗水力发电厂（装机9600千瓦）转让出售给个人，变成民营企业；通化县湾湾川水力发电厂（装机9 600千瓦）转让出售给个人，变成民营企业；辉南县胜利水电站（500千瓦）无偿转让给个人经营；集安市三家子水力发电厂（2 750千瓦）零价款出售给原企业职工，组建民企公司管理该电站；通化市桃园水库电站——华园电站（装机5 600千瓦）在建设时就吸收吉林省华能电办公司投资参与，成为股份有限公司，桃园水库持股45%，华能公司持股权55%。小水库塘坝、机电井电灌站等小型农田水利工程均继续实行个人承包（或买断）等形式。