鸭绿江　中朝两国界河。昔称鸭绿水、益洲水、暖江。东北地区四大河流之一,发源于长白山天池,由东北向西南,经长白县、临江市、白山市,从八道江区三道沟流入通化市境。流经青石、太王、集安市区,从凉水朝鲜族乡杨木林村西3公里处与浑江汇合流出通化市,经辽宁省宽甸县等地,在丹东市注入黄海。全长790公里,在通化市境内长166公里,流域面积6.3万平方公里。

浑江　汉代时名为盐难水,辽代名为沸流水,明代名为婆猪江,清代名为佟佳江。源出浑江市三岔子镇北龙岗山脉磬岭南谷的西南,流经浑江市城北,左纳红土崖河、大罗圈河;至通化市境城东右纳哈泥河、喇蛄河,左纳大苇沙河等;流经吉、辽两省分界处,右纳富尔江,回荡进入辽宁省宽甸县,与通化市的集安市境交界处汇入鸭绿江。全长433公里,流域面积1.5万平方公里。在市辖五道江镇五道江村流入境内,在金厂镇江沿村六组出境,穿越市区,流程145公里,流域面积6660平方公里,其流向基本呈东北至西南向,平均坡降为1.32‰。

辉发河　属松花江水系主要支流,发源于辽宁省清原县境内龙岗山脉,沿龙岗山脉东北流向,经柳河、梅河口、辉南,进桦甸入第二松花江。辉发河全长289公里,境内流程165公里,流域面积116万平方公里。在梅河口市山城镇以上河段,当地人称杨树河,山城镇至辉南县三统河口之间河段称大柳河。辉发河在通化境内的主支流有大沙河、莲河、一统河、三统河等。

哈泥河　“哈泥"为满语“哈尔迷"的音转,意为神刀,喻河多弯。源自柳河县凉水河乡高丽沟子南龙岗山脉磬岭北谷,流经大甸子西南进入通化县光华镇、葫芦套乡、二道江区桃园村、东昌区环通乡长流村、于江东乡自安村东南汇入浑江。河流全长137公里,河道平均坡降为2.5‰,流经市境长约18公里,境内集水面积约27平方公里,水量丰沛,是市区饮水源地。

新开河　发源于老岭山脉北麓老岭村六道阴岔。流经老岭、台上、桦甸、财源等地,由财源镇霸王村附近注入浑江,全长71公里,流域面积753.44平方公里,落差为538米。

二密河　“二密"为满语“额尔敏"的音转,意为河流快速欢腾之意。发源于通化县干沟乡迎门岔村英武岭,在环通乡长流村东汇入哈泥河,是浑江的二级支流。河流全长36.4公里,河道平均坡降6.1‰,流域面积306平方公里,在境内段约4公里,集水面积7平方公里。

通沟河　原名鸡儿江,又称洞庭洞沟河,发源于老岭山脉南麓阳岔沟里双岔头岭。流经阳岔,前湾、山城、城后等村,绕集安市区西南流入鸭绿江。全长49.4公里,流域面积683平方公里,落差为630米。

四平河　发源于通化县大安乡砬门村车道岭,在市境二道江区鸭园镇四道江村由北向南流入浑江。河流全长21.9公里,在境内河段约5公里。河道平均坡降8.4‰。四平河的水量年内变化较大,少雨季节常干涸,亦称干旱河。

头道沟河　发源于鸭园镇头道沟村碾子沟里。由东向西经头道沟、鸭园两村汇入浑江,河流全长10.1公里,河道平均坡降20.2‰,集水面积25.5平方公里。

大罗圈河　满语“罗圈鸦鹘"即麻雀,两岸原森林茂密,有成群的麻鹰在此栖息,遂得名。发源于通化县石湖镇棒槌园子前山东侧,流经通化县果松镇等地进入市境铁厂镇,在鸭园村北汇入浑江。河流全长65.5公里,河道平均坡降2.5‰,流域面积733平方公里。境内河段长14公里,集水面积70平方公里。

小罗圈河　发源于通化县东来乡鹿圈村西木通沟,由南向北流经鸭园镇向阳、东热村入浑江。河流全长30.6公里,河道平均坡降6.2‰,流域面积222平方公里。境内河段长10公里,集水面积40平方公里。

大样子沟河　发源于二道江乡三道江村大样子沟里,在三道江村南汇入浑江。河流全长10.5公里,河道平均坡降24.2‰,流域面积41.3平方公里。

清沟子河　发源于江东乡横道子村,在二道江乡桦树村北汇入浑江。河流全长15.7公里,河道平均坡降12.5‰,流域面积47平方公里。

庙沟河　亦称保安河。发源于江东乡银厂村五组,于市内工农桥汇入浑江。河流全长12.4公里,河道平均坡降12.8‰,流域面积43.1平方公里。

金厂河　发源于金厂镇上龙头村白鸡腰子山北麓,流经上龙头、新立、金厂、前进、跃进村流入浑江。河流全长23.6公里,河道平均坡降9.9‰,流域面积126平方公里。

夹皮沟河　发源于金厂镇夹皮沟村,流经夹皮沟、江沿村入浑江,河流全长12公里,河道平均坡降15.4‰,流域面积43.5平方公里。

抽水洞子河　发源于鸭园镇向阳抽水洞子沟,由西向东经向阳村汇入小罗圈河,河流全长10公里,河道平均坡降17.6‰,流域面积22.1平方公里。是浑江的二级河流。

通天河　发源于环通乡明兴村,流经明兴、西昌两村,河流长约7.5公里,宽5米。因汛期水大,河流湍急,如从天而落,俗称通天河。

湖泊　通化市辉南县境内有火山湖6座,有大龙湾、二龙湾、三角龙湾、东龙湾、南龙湾等。湖泊是由火山喷发形成的,分布在金川、抚民镇境内,已有1000多年历史。这些火山湖系由火山颈堵塞物坍塌、地下水聚集而成。水域面积共约232公顷。